海外媒体报道称，随着生物柴油的微生物污染方面的报道急剧增多，灭菌剂生产商敦促渔船运营者和生物柴油的大规模使用者警惕这一严重但容易防止的问题。

生物柴油的使用导致了包括微生物污染在内的一系列问题，它可引起有害的淤积物聚集在燃油过滤器中，以及对油箱，管道系统，软管和其它部件产生物理性损坏。生物柴油比大部分人想象的那样更容易被污染。生物柴油能够为细菌个体的繁殖提供适宜的环境，因为生物柴油具备增加燃油中水分的潜能，这为细菌的生长创造了丰富的食物源，因此需要经常地清洗堵塞的过滤器。

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